Арсений III оказался в центре переломных событий, изменивших судьбу сербского народа. В отсутствие официального лидера именно он поднял народ на восстание против турок, в поддержку австрийской династии Габсбургов, которая вела войну с Османской империей. В 1690 году, после того как Австрия потерпела поражение на поле боя, Арсений возглавил Великое переселение сербов с принадлежавшей туркам территории Старой Сербии на север, во владения Габсбургов. Там им обещали поддержку и сохранение права исповедовать православие, но в итоге обещания были нарушены. Патриарх добивался признания Венским двором автономии сербской православной церкви и не жалея сил защищал свою паству от притеснений и религиозного давления со стороны римско-католической конфессии.
Арсений III установил прочные контакты с российским государством и неоднократно обращался к Петру I с призывами о помощи, описывая в своих посланиях бедственное положение православных сербов, оказавшихся на чужой земле.
Благодаря стараниям Арсения III сербская церковь получила важную для неё поддержку от России. По просьбе патриарха царь также направил русских учителей для обучения сербских детей, что можно считать началом светского образования в Сербии.