Арсеније III се нашао у центру преломних догађаја који су променили судбину српског народа. Званичног народног вође тада није било, те управо патријарх подиже српски народн на устанак против Турака у знак подршке аустријској династији Хабзбурга која је водила рат против Османског царства. Године 1690. након што је Аустрија претрпела пораз на бојном пољу, Арсеније је предводио Велику сеобу Срба са територије Старе Србије која је припадала Турцима, на север, у земљу Хабзбурга. Тамо им је обећана подршка и очување права на исповедање православне вере, али су на крају та обећања била прекршена. Патријарх је тражио да Бечки двор призна аутономију Српске православне цркве и борио се свим силама да заштити своју паству од угњетавања и притиска Римокатоличке цркве.
Арсеније III је успоставио јаке везе са руском државом и више пута се обраћао Петру Великом за помоћ описујући у својим писмима тежак положај православних Срба који су се нашли у туђини.
Захваљујући напорима Арсенија III Српска православна црква је добила значајну подршку од Русије. На патријархову молбу цар је такође послао руске учитеље да подучавају српску децу, што се може сматрати почетком световног образовања у Србији.